Fondata come Mitteleuropäisches Barockorchester, è attiva dal 1998 su iniziativa dell'Accademia di Musica Antica, nell'ambito del più ampio progetto internazionale Euregiomusica - Premio Bonporti. Da diversi anni in varie parti del Nord Italia, in Austria e nell'Europa dell'Est sono state intraprese alcune significative iniziative per incoraggiare la ricerca e l'esecuzione della musica antica.
A partire da queste premesse, considerando le vocazioni e le aree di interesse più congeniali a ciascuno dei vari partner, è stata avanzata la proposta di lavorare insieme a un progetto comune, il cui obiettivo sarebbe stato quello di stimolare nuove forme di collaborazione e incoraggiare lo studio e la promozione del patrimonio musicale antico dell'Europa centrale.
L'attività principale è costituita dalle produzioni e dalle esibizioni della Bonporti Baroque Orchestra & Choir, attraverso corsi annuali il cui scopo è quello di migliorare le capacità tecniche dei giovani esecutori, sia orchestrali che corali. Sono coinvolti musicisti provenienti da tutta Europa, ma soprattutto da Paesi e organizzazioni collegate al progetto. A un periodo di studio e documentazione segue una fase di produzione con la realizzazione di concerti. Ottenute le borse di studio dalla giuria del Premio Bonporti (Concorso internazionale di musica da camera eseguita su strumenti d'epoca, 1996-2008 presieduto da Gustav Leonhardt), i musicisti si riuniscono in vari periodi dell'anno sotto la guida di esperti direttori musicali (Pàl Németh per l'orchestra, Romano Vettori per il coro).
Dopo un seminario finale tenuto da direttori noti o emergenti, i programmi musicali scelti per lo studio vengono successivamente eseguiti in pubblico. Nel 2000, sotto la direzione del Direttore Principale Ospite Barthold Kuijken, l'Bonporti Baroque Orchestra e il CoroBonporti Baroque Orchestra hanno eseguito la Theresienmesse di F. J. Haydn, mentre quest'anno è prevista l'esecuzione della Weissenhausmesse di Mozart e del Dies Irae di J.Ch. Bach. Andrea Marcon ha diretto la prima esecuzione moderna della rielaborazione di J.S.Bach dello Stabat Mater di Pergolesi con il Krönungs-Te Deum di Salieri e la Hassemesse del compositore tridentino D.Pasqui. Peter Neumann ha diretto musiche di J.S. Bach e Zelenka. Particolare attenzione è stata dedicata all'esecuzione di musica sacra polacca (G. G. Gorczycki, In virtute tua, Litaniae de Providentia Divina).
Tra gli altri compositori di cui è stata eseguita la musica, Cimarosa nel bicentenario della morte (2001), F. J. Haydn e G.B. Sammartini. Produzioni di Euregiomusica sono state eseguite al "Festival Regionale di Musica Sacra" di Trento e Bolzano, a "Musica e Poesia a San Maurizio" di Milano e, nel 2002, per la prima volta a Budapest e al Festival di Musica Antica di Cracovia. Molti programmi sono stati registrati integralmente e successivamente trasmessi alla radio nazionale dalla RAI.
Il progetto di musica antica, Euregiomusica, si svolge con il patrocinio della C.E.I. (Central European Initiative) e la collaborazione della Radio Nazionale Austriaca, ORF. Altre produzioni includono l'oratorio Il Caino di A. Scarlatti (Dux). Di particolare rilievo è il repertorio, incentrato sulla tradizione musicale dell'area mitteleuropea fino a Mozart, con brani insoliti o rari(Salmi a quattro cori di P. Lappi per l'arcivescovo Lodron a Salisburgo - 1621; D. Cimarosa, Giannina e Bernardone opera inaugurale del teatro settecentesco di Rovereto (1998); la Messa "Santa Maria-Hassemesse" di D. Pasqui per la Corte Imperiale (Dux). Pasqui per la Corte Imperiale (Innsbruck 1765) Per il 25. del Concerto di San Marco (2013) e il 35. dell'Accademia di Musica Antica (2014) ha eseguito due grandi bande, rispettivamente la Missa Sapientiae di A. Lotti e la Missa in Re di J.A. Hasse per l'inaugurazione della Chiesa Cattolica di Dresda.
I partecipanti, finalisti e vincitori del Premio Bonporti, siedono regolarmente in orchestra. Per il Festival Settenovecento (2017-2018) la BBO ha prodotto rispettivamente i Vespri musicali di San Marco (C. Monteverdi) - in prima esecuzione nella Basilica di S. Barbara a Mantova nell'anno monteverdiano - e la Messia di G.F. Handel nella versione settecentesca di Firenze del 1768. Nel 2022, in occasione della collaborazione con il celebre St. Florianer Sängerknaben presenterà gli Inni Chandos di G.F. Handel e in prima esecuzione moderna un Te Deum di D. Pasqui e un nuovo concerto per violino di G. Tartini.